Afføringens normale brune farve skyldes dens indhold af galde, der udskilles fra leveren. I nogle tilfælde kan farven ændres pga. andet indhold i afføringen. Dette er eksempelvis tilfældet, hvis der et sted i mave-tarm-kanalen er en blødning.
Blødning kan give sort afføring
Blødninger i mavesækken, tyndtarmen eller den første del af tyktarmen kan føre til sort afføring. Specielt hvis denne er klistret, tynd og meget ildelugtende (melæna), kan mistanken falde på en blødning i mave-tarm-kanalen. Sådanne blødninger skal undersøges og evt. behandles. De kan skyldes mavesår , kræft i mavesækken , kræft i tyktarmen og godartede svulster i tyktarmen , hvis disse sidder i den øverste del af tyktarmen. Endeligt kan det også skyldes åreknuder i spiserøret.
Jern og fødevarer farver også
Der er dog også andet end blødning, der kan farve afføringen. Specielt skal man vide, at hvis man indtager jerntabletter mod lav blodprocent, vil afføringen oftest farves mørk eller helt sort. Visse fødevarer kan også farve afføringen, hvilket eksempelvis gælder for rødbeder. Et stort indtag af rødbeder, kan farve afføringen rød, hvilket ofte også vil smitte af på toiletvandet, der vil antage en rød/violet farve.
Små mængder frisk rødt blod, skyldes i reglen små rifter i og omkring anus. De kan f.eks. ses efter tilfælde af diarré, hvor man har været på toilettet mange gange. Det mekaniske slid af toiletpapiret kan føre til små rifter. Ofte opdages blodet som en smule rødt blod på toiletpapiret. Dette kan også skyldes hæmorider , der også kan give kummesprøjt af blod, hvor blodet ses i toilettet og op langs kanterne. Det kan se voldsomt ud, selvom der kan være tale om ganske små mængder blod. Er det første gang man oplever det, bør man dog kontakte sin egen læge. Hvis man bemærker blod i toilettet, er det også værd at bemærke, om dette er indlejret i afføringens overflade eller er blandet helt op med afføringen. Blod på afføringens overflade kan skyldes godartede eller ondartede svulster i den nedre del af tyktarmen og endetarmen. | 
